De forma inesperada, replicas camisetas futbol el 12 de marzo de 2013 la sentencia de una jueza anuló el aval que en 2009 dio la Generalidad Valenciana a la Fundación Valencia CF. Esta sentencia fue recurrida por la entidad bancaria puesto que no fue parte en el proceso y no pudo aportar pruebas ni defenderse explicando su versión. El vergonzoso juego del equipo lleva a cosechar 4 derrotas consecutivas, con el club en el puesto 16.º y con una abultada derrota 0-3 frente al Swansea en el debut en la Europa League, la afición clamó contra los futbolistas y el director deportivo. Otra pésima racha de juego y resultados, con derrotas sonrojantes ante Real Sociedad, Villarreal y Almería y un pésimo empate frente al Valladolid, hicieron de nuevo sonar las alarmas, y mientras el presidente Amadeo Salvo seguía mostrando su confianza en Djukic para toda la temporada, el director deportivo Braulio Vázquez sugería la destitución del entrenador que él mismo pidió contratar cinco meses antes. Llorente, a ser nuevos patronos de la Fundación nombrados por el club, enfrentándose así a los patronos nombrados por la Generalidad Valenciana, dos días después, el 5 de abril de 2013, Manuel Llorente presentó su dimisión como presidente del Valencia tras casi 4 años en el cargo.
El Valencia Club de Fútbol es un equipo histórico de la ciudad de Valencia. El País. «La sanción puede ir desde una multa económica hasta la inhabilitación del presidente del fútbol español ». El fútbol en España son miles y miles de clubes que son modestos, que los lleva un presidente o un directivo con cuentas que hace en un simple papel. Ellos dieron soporte legal a todo el fútbol regional e hicieron que la voz del Iberia se escuchara en toda España. En el primer partido de la competición frente al AC Milan en Mestalla debutó el joven canterano argentino Fede Cartabia, que deslumbró a prensa, afición, y al propio entrenador, que lo incorpora al primer equipo, y además se le amplía y mejora el contrato hasta el año 2017, con una cláusula de rescisión de 20 millones de euros. En la eliminatoria de cuartos de final frente a este último se vivió una remontada épica de un 3-0 del partido de ida, que finalmente terminó en victoria valencianista por 5-0 en Mestalla el 10 de abril de 2014. Este partido pasó a ser conocido como la «reAmuntada» y supuso un emotivo reencuentro entre el equipo y la afición valencianista, que había perdido mucha ilusión en su equipo los años anteriores.
Por otro lado, en la Europa League rozó la final del campeonato al caer eliminado en el último minuto del tiempo de descuento de las semifinales frente al Sevilla en Mestalla al encajar un gol cabeceado por Mbia, habiendo eliminado previamente a Dínamo de Kiev, Ludogorets y Basilea. El incombustible futbolista galés fue una pesadilla para los laterales de la Premier durante dos décadas habiendo marcado en todas las temporadas desde la 92/93 hasta la 12/13. A sus 13 trofeos de liga le acompañan las dos Champions con el Manchester, con triplete incluido. Hasta 1909 no se vio por primera vez una asociación a nivel nacional que rigiese este deporte. Tras subrayar que el cariño es mutuo con Lucho. Manuel Llorente por seguir teniendo el control tanto del club como de la Fundación, tal como llevaba haciendo desde 2009. Entre esos patronos iban a estar personas que habían sido apartadas de la Fundación por la Generalidad solo unas semanas antes, como Társilo Piles y José Antonio García Moreno. La remodelación del club afectó a casi todos los niveles y se contrató como director general a Luis Cervera y como mánager general de la cantera al exfutbolista Francisco Joaquín Pérez Rufete.
Francisco Joaquín Pérez Rufete, Mánager General de la cantera, tomó la dirección deportiva del primer equipo con el cargo de Manager General Deportivo el 25 de noviembre de 2013 y empezó a supervisar el trabajo de Djukic y de toda la plantilla, además de iniciar una reforma estructural deportiva con directores deportivos por todos los continentes en busca de futuros talentos, tratando de adelantarse así a otros grandes clubes europeos. El martes 4 de junio de 2013, tres días después de haber terminado la temporada, tuvo lugar la Junta General de Accionistas en la que se aprobó el nuevo consejo de administración del club, presidido por Amadeo Salvo, con el 93% de las acciones presentes en la junta. Este comunicado oficial sentó muy mal en plena junta de accionistas por hacer público el rechazo a la refinanciación justo durante una junta de accionistas del club, reventando los puntos del orden del día, y fue entendido por el club como una provocación del banco.
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